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农产品物流在国内外还没有一个官方统一的定义，物流的概念第一次被提出是在美国，当时认为农产品物流属于供应链，借助前期计划，掌控农产品的仓储、库存、流通和配送的整个流程。整个物流体系以管理功能为核心，目的在于实现消费者对于农产品从产地到消费地的消费需求。国内正式使用农产品物流这一概念是在21世纪初，本文出于本文的研究目的将农产品物流定义为农产品从原生产地一直到消费地的整个流通过程，在此过程中，把采购、存储、加工、包装、运输等功能根据实际需求融合，最终实现消费者需求。
成本和效益的关系就如同投入和产出的关系。成本效益分析是通过比较项目的全部成本和效益来评估项目价值，实现以最小的成本来获得最大的效益。物流是贯穿于整个供应链中的活动过程，对物流的成本效益评价必须站在供应链全局的角度，理清上中下游各个主体之间的潜在关系，对物流过程涉及的所有成本、产生的所有效益都要进行准确评估，从而得出最佳的结果。农产品物流成本产生于物流的各个节点中，从生产到销售的整个过程中都会有成本的产生。与此同时，成本产生的过程中便意味着物流效益的降低。农产品物流效益形成于整个物流过程中，在各个物流环节中都会产生物流效益。除了人们所知的生产、加工、配送以及销售效益外，还应包含社会效益，例如追溯问题产品保障农产品质量。
供应链是从产品的原材料开始，到产成品的完成，以及最后销售过程中，利用物流、信息流等，将供应商、分销商和最终用户等连接成一体的功能网链结构。 供应链管理是指在满足客户服务需求的前提下，将各节点企业有效地组织集中起来进行产品生产和流通，并整合各环节所产生的物流、信息流等，实现供应链成本最低、效率最大化原则，从而增加顾客价值的过程。在实现供应链管理时，要重视客户需求和合作伙伴间的合作密切程度，并采用信息技术、EDI 等智能的管理技术，同时使用如 MRP 等创新的生产管理模式，完成供应链信息的集成化管理，加快供应链的运作速度及附加价值，实现供应链上各企业经济效益的增长从全国的角度来看，我国中西部是夏秋蔬菜优势区、苹果优势区、西北白梨优势带、中原肉羊优势区、中东部农牧交错带肉羊优势区的重要组成部分。我国中西部地区的耕地大都在山地和丘陵地区分布着，农业发展比较落后，基础作用发挥不明显。进入新世纪以来，我国中西部自上而下开始重视农业产业的发展，不断调整农业机构，发展农业现代化，努力实现农业产业化的目标。同时，进行合理区域布局，推进本省特色农产品快速发展。
配送效益高，这是任何物流都要达到的一个目标，集中体现在物流配送的成本是否较低，企业规模化的效益是否明显。到目前为止，中国的物流配送企业有很多，不仅小企业的数量令人惊叹，就连大型企业的数量也有一千多家，比如，在山东，2013 年的合法物流企业就已经达到了五万家之多，但是大多数是小型企业，经营略微分散，市场竞争力和规模效益都比较低。很多城市情况与山东类似，各种各样的物流配送企业很多，但是都无法达到规模化。即使在物流的前端生产部分可以通过形成农民专业合作社来建立集约化生产经营模式，但那种涵盖了包装加工、物流配送、市场营销和安全追溯的优质服务的一条龙服务的企业数量太少，物流配送的组织化程度较低，整个流通体系依然存在短板，电子商务农产品物流的效率还是不高。
农产品的利润率很低，本身的市场价值也不是很高，我国的农产品电子商务在发展过程中展现出来的问题就是物流配送的成本太高。数据显示，发达国家物流配送成本占商品成本的比例是 10%-15%，发展中国家的成本比重略高一些，大约 15%—25%，而中国物流配送成本占商品成本的比例竟高达为 30%—40%，这也就说明了，在我国的电子商务的发展过程中，物流这一部分耗费了大量的成本。之所以会这样，是因为在物流配送过程中，中间环节太多、不够优化，也因为储存设备落后、流通渠道狭窄等等一系列问题。以我国当前的农产品电子商务运行角度来说，上文提到从事农产品经营的电子商务平台利润低，盈利难也得到了解释，很多企业都是因为被物流费用挤压，导致盈利空间才会变小。