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各地检察机关在确定公益诉讼案件符合立案标准后，应该对检察机关是否有管辖权、是否有明确被告、是否有清楚的诉讼请求和事实理由等方面进行审查，检察机关对案件审查后进行立案的应该制作立案决定书，启动诉讼程序。在公益诉讼程序中检察机关面临不同的诉讼程序实施状况。
1.诉讼费用保障
根据《方案》的规定，检察机关不必承担公益诉讼的费用，但是对于公益诉讼，除了诉讼费用外还有很多其他费用，可以说公益诉讼的成本高昂，包括证据收集费用、鉴定费用、咨询费用等大量费用，例如鉴定费用少则几千元，多达数万元，并且鉴定过程中存在鉴定难、鉴定贵的问题。与此同时，公益诉讼中有很多专业名词和专业知识，检察机关在提起公益诉讼时对于一些专业知识需要咨询相关鉴定人和证人，存在咨询费的问题。检察机关在收集证据过程中，支付了大量的鉴定费、咨询费、取证成本费等，但即使是在公益诉讼中胜诉，赔偿金是否可用于支付检察机关在诉讼过程中消耗的全部诉讼费用，法律也没有明确规定。
2.诉讼制度实施
有明确的法律关系和被诉对象这是普通案件的立案标准，所以在提起公益诉讼时要求有明确的侵害国家和社会公益的行为主体、有明确的诉讼案件事实和有现实可行的诉讼主张。若要提出明确的诉讼事实和诉讼主张就需要通过检察机关对案件进行详细深入的调查取证，《方案》中规定了初步证据制度。在实践中无论是处理环境污染还是生态污染的案件，提起公益诉讼时均面临着专业化程度高、调查取证难等棘手的问题，特别是在确定损害赔偿标准时，必须要有专业、规范并具有说服力的数据支持和因果关系证明，还需要有具备专业知识的鉴定人员。相对而言，检察机关在法律专业方面具有专业人才，而对于其他专业领域并不擅长，这无疑会大大增加调查取证难度。同时，在调查取证时必然会有一些信息需要从政府或企业内进行调取，但是由于本地政府为了保护地方经济的发展他们并不愿意公开其一些内告，符合我国司法实情，能够最大限度的维护国家和社会公共利益。并且在我国将检察机关作为民事公益诉讼的原告，有丰富狗法理支撑和司法实践的经验，虽然我国现有的法律并未对此作出明确规定，但浅相信在法学界众多学者的努力下，我国的立法机关会根据实际的情况对此制度进行建立并不断完善，以弥补我国法律对此领域的空白。虽然检察机关提起公益诉讼并没有形成完善的制度，在具体的程序设计上也存在着一定问题和不足，但是，在未来，随着我国法律体制的整体发展和完善，借助司法改革的东风，检察机关提起民事公益诉讼制度方面的缺失和不足会逐步得到改善。本文通过对检察机关提起民事公益诉讼的程序方面存在的问题进行分析，并提出相应的完善对策进行程序路径的优化，以期为我国司法改革和司法体制程序的完善提供更多的帮助。