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（一）新形式下财务人员进修机会少，自身缺乏创新精神
在医院的实际工作中，财务人员整天忙于财务事务，而培训、进修机会很少，专业技能水平不高，对导致财务管理对创新技术了解不够，自身缺乏创新精神。一方面，公立医院人员都是事业编制，工作相对稳定，很多工作人员从事的工作可能很长时间都一成不变，导致工作自身产生惰性，工作缺少激情，工作没有挑战性，自身就很少去学习新知识。另一方面，由于医院过多注重医务人员的专业技能与学历提升，过多的去为医务人员创造各种进修学习机会，而对财务人员就没有过多安排，这就导致新政策来临时，财务人员因为对成本核算方法认识不足，造成在账务处理过程中不知如何下手的局面。
（二）缺乏科学、完整、规范的医疗服务成本核算方法
目前医院没有形成统一的核算准则，核算方法是任意的。在选择核算方法时，没有在充分了解其财务状况和会计系统的性质的基础上做出选择，导致成本核算方法不适应医院的发展，导致许多数据口径是 不统一，数据不能重复使用，成本核算比较乱；加上公立医院临床科室多、诊疗项目划分细，成本核算工作较为复杂，由于医院各项技术及设备更新换代较快，成本核算工作具有很多不确定性，导致各医院的核算方法不一致，如固定资产、无形资产的折旧与摊销纳入成本核算主观随意性太强。造成技术先进的医院采用完全成本法核算，技术水平落后的医院采用不完全成本法核算。